Efter St Columbas försök att konvertera pikterna i norr till kristendomen, flyttade folk fram och tillbaka mellan icketroende och kristen tro tills St. Cumin besökte området på 600-talet. Han byggde vidare på St Columbas arbete och etablerade kristendomen till fullo i den här delen av högländerna.
Han byggde han en kyrka och byn blev känd som Cille Chuimein eller Church of Cumin, vilket fortfarande används lokalt. Den lokala skolan heter Kilcumen Academy. Efter det andra jakobitupproret 1715 (jakobiterna var anhängare av den katolska Stuart-monarkin), byggde General George Wade ett nätverk av vägar med Cille Chuimein i centrum.
Han byggde också ett nytt fort här som han döpte till Fort Augustus för att hedra King Georges favoritson – William Augustus, Duke of Cumberland. När fortet väl var byggt fick byn sitt engelska namn, Fort Augustus. Fortet var enormt och stabilt konstruerat med fyra hårt försvarade bastioner i väggarnas hörn. Den inhyste en betydande militär avdelning.
Det sista jakobitupproret ägde rum 1745 och fortet överlämnades med svåra kanonskottskador till de jakobitiska styrkorna. När jakobiterna besegrades år 1746 bestämde sig Duke of Cumberland för att använda fortet som sitt högkvarter, men vid det laget var det oanvändbart. Cumberland var rasande över förstörelsen och började en rad fruktansvärda övergrepp mot folket i högländerna. Fortet återuppbyggdes aldrig efter 1745. Lord Lovat köpte det av regeringen och renoverade en byggnad till att användas som jaktstuga. 1878 överlämnades det till benediktinmunkarna som byggde klosterkyrkan, förankrad till fortets grunder och kvarvarande byggnader.
Munkarna drev en internatskola fram till 1993 och därefter blev det ett besökscenter fram till 1998, den största privata besöksattraktionen i Skottland på den tiden. De vackra byggnaderna har nu byggts om till lägenheter och är inte längre öppna för allmänheten.