Po próbach św. Kolumby, by nawrócić północne plemię Piktów na chrześcijaństwo, mieszkańcy i mieszkanki tych terenów aż do VII w. na zmianę przechodzili na wierzenia pogańskie i chrześcijańskie. Wtedy to dolinę odwiedził św. Kumin, który, opierając się na staraniach św. Kolumby, raz na zawsze ustanowił w tej części Highlands wiarę chrześcijańską.
Wybudował tu kościół, a wioska przybrała nazwę Cille Chuimein, czyli „Kościół Kumina”. Do tej pory Fort Augustus znany jest przez okoliczną ludność pod tą nazwą, a miejscowa szkoła nazywa się Kilcumen Academy. Po drugim powstaniu jakobickim z 1715 r. (Jakobici popierali katolicką monarchię Stuartów) generał George Wade zbudował w regionie sieć dróg, w samym jej centrum umieszczając Cille Chuimein.
Skonstruował również nowy fort, który nazwał na cześć Wilhelma Augusta Hanowerskiego, księcia Cumberland, ulubionego syna króla Jerzego I. Kiedy fortyfikacja była gotowa, wioska przybrała angielską nazwę – Fort Augustus. Fort był ogromny i niezwykle wytrzymały, a w każdym jego kącie stacjonowały cztery silnie uzbrojone bastiony. Dawał również schronienie sporemu oddziałowi wojskowemu.
W roku 1745 miało miejsce ostatnie powstanie jakobickie. Ogień z armat Jakobitów znacznie uszkodził wówczas fortyfikację, która w końcu upadła. Kiedy w 1746 r. Jakobici zostali pokonani, książę Cumberland – człowiek, którego imieniem nazwano fort – postanowił uczynić fortyfikację swą siedzibą główną. Fort okazał się jednak niezdatny do użytku. Rozzłoszczony książę rozpoczął przeciwko ludności z Highlands kampanię krwawych okrucieństw. Fortyfikacji nigdy nie odbudowano po jej upadku. Później Lord Lovat odkupił fort od rządu, wyremontował jeden z budynków i przekształcił go w domek myśliwski. Budowlę przekazał w 1878 r. mnichom benedyktyńskim, którzy na fundamentach fortu i otaczających go budynków wybudowali opactwo.
Do 1993 r. służyło ono mnichom jako szkoła z internatem, a do roku 1998 – jako centrum dla zwiedzających. Opactwo było wówczas największą prywatną atrakcją turystyczną w całej Szkocji. Dzisiaj nie można już odwiedzać tych pięknych budowli; przekształcono je w prywatne mieszkania.