Loch Ness er del av Skottlands Great Glen, en geologisk forkastning som løper fra Nordsjøens bunn i nordøst til Atlanterhavsryggens kant i sørvest. Den deler Skottland i to.
Det skotske høylandet består av bergarter som ble til i varme tropiske havområder langt sør for ekvator for over fem hundre millioner år siden. For rundt fire hundre millioner år siden kolliderte det nord-amerikanske kontinentet med det europeiske, og en enorm fjellkjede ble skapt. Denne er kjent som den kaledonske fjellkjede. Tjue millioner år senere ble Great Glenforkastningen dannet, og fjellene nord for innsjøen flyttet seg 65 engelske mil (100 km) sørvest og skapte en enorm dal.
Til slutt gled Nord-Amerika bort og Atlanterhavet åpnet seg. Da kontinentene flyttet seg til nordlige breddegrader, gjorde de store istidene at våre enorme taggete fjell ble erodert til stumpene dere ser på hver side i løpet av seilingen i dag.
Da siste istid tok slutt, for ca. tolv tusen år siden, ble Loch Ness fylt med ferskvann og tok den formen dere ser i dag. Det kom trær og annen vegetasjon, men det meste ble kuttet ned i løpet av middelalderen for å produsere trekull til smelting. Derfor består furuskogene som dere ser her i dag stort av sett innførte arter som lerk, douglasgran, sitkagran og vanlig gran – og selv noen sequoia.
Vår eneste naturlig hjemmehørende furu, pinus sylvestris, er mest vanlig i naturreservater som Glen Affric. Torvmyrer farger regnvannet, og det er dette som gjør at vannet i innsjøen virker så mørkt.
Innsjøen er ca. 23 engelske mil lang, gjennomsnittlig 1 engelsk mil bred og 754 fot dyp. Det er 35 kilometer lang, 1,5 kilometer bred og 230 meter dyp. Loch Ness har plass til tre ganger jordens befolkning, og den inneholder mer vann enn samtlige innsjøer, elver og reservoarer i England og Wales kombinert – inkludert hele Englands Lake District.
Så … det er mer enn plass nok til å skjule noen hemmeligheter.