Etter St. Columbas forsøk på å omvende de nordlige pikterne til kristendommen, vekslet området mellom hedensk og kristen tro helt til St. Cumin besøkte dalen på 600-tallet. Han fortsatte St. Columbas arbeid, og etablerte kristendommen i hele denne delen av høylandet.
En kirke ble bygget her, og landsbyen ble kjent som Cille Chuimein – som betyr Cumins kirke. Stedet går fortsatt under dette navnet lokalt, og den lokale skolen heter Kilcumen Academy. Etter jakobittenes opprør i 1715 (jakobittene støttet det katolske Stuartmonarkiet), bygget general George Wade et nettverk av veier med Cille Chuimein som midtpunkt.
Han bygget også en ny befestning som han ga navnet Fort Augustus til ære for William Augustus, hertugen av Cumberland – favorittsønnen til kong Georg II. Så snart fortet stod ferdig, ble Fort Augustus det engelske navnet på landsbyen. Fortet var et enormt og solid byggverk, med fire godt bemannede bastioner på hvert hjørne. En stor militærtropp var utplassert her.
Det siste jakobittopprøret fant sted i 1745, og fortet ble overlatt til de jakobittiske styrkene som hadde gjort store skader med sin kanonild. Jakobittene ble slått tilbake i 1746, og hertugen av Cumberland (mannen som fortet var oppkalt etter) bestemte seg for å bruke det som sitt hovedkvarter – men det var ubrukelig. Cumberland var rasende over ødeleggelsene, og satte i gang en serie med grusomme ugjerninger mot folket i høylandet. Etter 1745 ble fortet aldri gjenreist, og ble overtatt av Lord Lovat som kjøpte det av staten og renoverte én bygning til bruk som jaktslott. I 1878 ga han eiendommen til benediktinermunker som bygget klosteret i tilknytning til befestningens fundamenter og gjenværende bygninger.
Munkene drev det som en internatskole til 1993 og som besøkssenter til 1998. På den tiden var dette den største private turistattraksjonen i Skottland. I dag er disse vakre bygningene omgjort til leiligheter, og er ikke lenger åpne for besøkende.