ネス湖はスコットランドのグレートグレンの一部であり、北東の北海の下から南西の大西洋の棚まで続く地質学的断層線です。この線により、スコットランドは二つに分けられています。
スコットランドのハイランドを形成する岩は、赤道の南にある暖かい熱帯の海に500万年以上前に敷設されました。およそ400年前に北アメリカとヨーロッパ大陸が衝突し、巨大な山脈が形成されました。これらの山はカレドニアンとして知られています。 2千万年後、グレートグレン断層線が形成され、湖の北にある山々が南西に65マイル（100km）ずれ、巨大な谷が形成されました。
最終的に北アメリカは漂流し、大西洋が開かれ、大陸が北緯に入ると、大氷河期が始まり、巨大なギザギザの山々が、今日のクルーズで両側にご覧いただけるような切り株のようになるまで浸食されました。
最後の氷河期が終わったおよそ1万2千年前、ネス湖は淡水で満たされ、今日のような形になりました。植物や木々が現れましたが、ほとんどが中世の時期に製錬用の木炭生産のために伐採されました。今日ここで見られる松林は、カラマツ、ベイマツ、シトカ、さらにはセコイアなどの外来種が主です。
唯一の在来種であるスコッツパインはグレンアフリックなどの自然保護区で最もよく見られます。泥炭湿原のため雨水が汚れ、湖の水はとても暗く見えます。
湖の長さは約23マイル、幅は平均1マイル、深さは754フィートです。別の言い方をすると、長さ35キロメートル、幅1.5キロメートル、深さ230メートルです。世界人口の三倍の人をネス湖に入れることができ、イングランド湖水地方全体を含めた、イングランドとウェールズの全ての湖、川、貯水池を合わせた水量よりも多くの水を含んでいます。
ですので、いくつかの謎を隠す余地がまだあるのです。